新靶标与化学干预教育部医药基础研究创新中心成立于2020年，是由新西迁人党永军教授（原复旦大学上海医学院教授）牵头，重庆医科大学首个成建制引进并组建的含有8位PI的交叉学科研究中心。中心由党永军教授担任主任，中国科学院上海有机化学研究所俞飚院士为学术委员会主任，多位国家级人才担任学术委员会委员。中心涵盖生物信息学、药物化学、化学生物学、细胞生物学、代谢组学及药理学等多个学科，通过学科交叉及校内资源整合，配合附属医院优势学科，打造完整的西部创新药物“科研高地”，培养相关学科紧缺人才。中心拟聚焦国家或地区重大需求和关系国计民生的重大疾病，包括病原微生物、肿瘤、糖尿病和衰老等代谢疾病，以新靶标发现和确证作为研究重点，坚持“开放共享”理念，对接相关企业，形成“产学研”一体化，旨在基础研究和转化方面实现重大突破。
中心现有场地面积5200m²，使用面积1800m²。经过近5年的发展，中心通过引进国内外高端人才、培育优秀青年人才，逐渐形成了一支多学科交叉、基础与临床相结合的年轻创新团队。中心现有PI 8名、教授1名，副教授12名、博士后5名，中心全体师生百余人。现有国家级人才1人、重庆英才·创新创业领军人才1名、巴渝学者讲座教授1名、巴渝青年学者1名、重庆市学术技术带头人1名、重庆市学术技术带头人后备人选1人、重庆市首席专家工作室领衔专家1名、东方学者1人、重庆医科大学“揭榜挂帅”A类2名和B类1名。中心于2023年获得教育部医药基础研究创新中心建设项目支持，并获重庆市教委高水平科研创新平台培育工程研究中心、重庆市高校创新研究群体项目等。申获科研项目70余项，其中国家级项目20项（包括国家或地区自然科学基金重点项目1项（经费300万元）、重点研发计划1项（经费1500万元）、科技部国家重点研发国际合作项目1项（经费200万元）以及国际(地区)合作与交流项目1项（经费160万元），参与国家或地区自然科学基金重大研究计划集成项目1项（经费84万元）、国家或地区自然科学基金重大项目子项目1项（经费370万元）；其余各级各类50余项，总经费超5500万元。在Signal Transduct Target Ther、J Clin Investig、Angew Chem Int Ed、Nucleic Acids Res、Cancer Res、Chem Sci、J Med Chem等国际著名期刊共发表论文60余篇。
