1956年，上海第一医学院（现复旦大学医学院）分迁来渝创建了重庆医学院，并设置了化学、药理学等教研室。期间，在血防846、硝硫苯酯及其衍生物、左旋吡喹酮等抗血吸虫药物研究以及人工肝研究方面处于国内领先水平。
1999年，成立药学系，按二级学科设置教研室。期间，在国内率先研制成功De-nol原料及胶囊，制得了稳定的聚维酮碘原料及水剂，研制成功专利药甲硝唑磷酸二钠；开发了甲氰脒胍、扑热息痛等合成新工艺；抗肿瘤新药物德氮吡格获得重庆市技术发明三等奖。
2006年，成立3044永利电子。学院成立后在人才培养、科学研究及学科建设等方面都取得了突破性的进展；获批为国家首批一流本科专业建设点和药学一级学科博士学位授权点；成为省部级药学一流学科；承担国家新药创制重大专项、NSFC等项目30余项/年，授权发明专利10余项/年；SCI论文约70篇/年；协助企业研发了减肥药奥利司他、创新麻醉药EL-052等，为企业创造经济效益达数亿元。
药理学、化学教研室
1956年
重庆医学院成立，组建了药理学、化学教研室
1978年
首次参编人民卫生出版社全国统编《药理学》教材
1981年
获药理学硕士学位授权点
全钰珠教授被批准为首批药理学硕导，开始招收药理学硕士生
1982年
受教育部委托，举办全国高等医学院校药理学助教进修班
严燊和教授研制的硝硫苯酯类抗血吸虫药物Phenithionate发表在《药学学报》上，次年被国外药学权威杂志《Drugs of the Future》收录；成为该杂志报道的较早由中国学者创制的新药
1983年
首次受邀参加国际学术会议：国际生物医学工程会议·日本（徐昌喜）
1984年
严燊和、徐昌喜、吕余庆三位教授被批准为首批药物化学硕导。次年，开始招收药物化学硕士研究生
1986年
首次获得国家自然科学基金项目：钙调素对递质释放的调节研究（薛春生）
获药物化学硕士学位授权点
获药理学博士学位授权点
首次获科技奖励：硝硫苯酯衍生物7720的抗血吸虫作用研究获四川省科技进步一等奖（刘约翰、严燊和等）
全钰珠被批准为首批药理学博导，当年开始招收药理学博士研究生
1989年
招收药学专业证书班学生
药学教研室
1993年
组建药学教研室
开始招收三年制药学专科学生
获生物医学工程硕士学位授权点
1995年
开始举办国家执业药师考试考前培训班
首次申请国家发明专利：一种氮杂甾体化合物、制备及其用途（余瑜，2001年获授权）
首次主编专著：图解中央英汉医学辞海（薛春生）
1996年
首次主编教材：黑龙江科技出版社《医用化学基础》教材（汤先觉）
1998年
获国家医药管理局批准为重庆市执业药师培训中心
药学系
1999年
成立药学系
开始招收四年制药学本科学生
2000年
生物化学与分子药理学重点实验室获批为重庆市教委重点实验室
首次获国家发明专利授权：果糖-1,6-二磷酸钠镁、其制备方法和在制备药品上的用途（王驰等）
2001年
首次获省部级教学成果奖：“坚持五个结合，建设药学实习基地”-重庆市高等教育教学成果二等奖（董志等）
2004年
药理学获批为重庆市高等学校市级精品课程
3044永利电子
2006年
成立3044永利电子
获药学一级学科硕士学位授权点
开始招收四年制药学（临床药学方向）学生
2007年
开始招收四年制药学（药物分析方向）、四年制药学（工业制药方向）学生
重庆高校药物工程研究中心获重庆市教委批准立项建设
获批为药学一级学科博士后科研流动站
2008年
麻醉药丙泊酚衍生物转让江苏恩华药业（李勤耕主研）
2009年
药学专业获批为教育部第四批特色专业建设点
开始招收五年制临床药学专业学生
药学实验教学中心获批为重庆市高等学校实验教学示范中心
多西他赛衍生物转让珠海联邦制药（李勤耕主研）
2010年
获药学硕士专业学位授权点
开始招收四年制药物制剂专业学生
重庆市药效评价工程技术研究中心获重庆市科委批准立项建设
主办“川渝两地临床药学研讨会”
2012年
首次在SCI期刊（Am J Pharm Educ)发表教学研究论文
经批准，自设临床药学、制药工程博士学位授权点
药学学科在教育部第三轮学科评估中位列重庆市第1位
2013年
与美国纽约州立大学布法罗分校签署合作协议，开展“3+4”PharmD联合教育项目
“临床药学专业人才培养模式的探索与实践”获重庆市高等教育教学成果三等奖
2014年
引进美国辛辛拉提大学“药物经济学”部分教学内容
2015年
全课程引进美国纽约州立大学布法罗分校“神经系统疾病与精神性疾病药物治疗学”课程
2016年
药理学与毒理学进入ESI排名前1%
首次完成3044永利电子标识系统设计（设计人：2015级硕士生唐学文、2013级临药本科生罗鸣宇）
2017年
药学入选重庆市一流学科
药学再次入选重庆市重点学科（十三五）
和美国辛辛那提大学3044永利电子签订化妆品理学硕士联合培养项目协议书
2018年
获药学一级学科博士学位授权点
获批药物代谢研究重庆市重点实验室
承办2018年重庆化疗药物基础与前沿国际论坛
创建川渝医药政产学研用创新联盟，当选名誉理事长单位
2019年
药学专业入选国家首批“一流专业”建设点
临床药学、药学专业入选重庆市“一流专业”
获批《药物分析》重庆市线上一流课程
获第二届全国药学研究生优秀学位论文1篇
新增省部级人才8人次；入选学校高层次才培育计划3人（全校共计7人）
2020年
临床药学专业入选国家首批“一流专业”建设点
原料药与辅料分析测试中心通过CNAS认证
2021年
教工第一党支部入选“重庆市党建工作样板支部”
药学学科再次入选重庆市重点学科
化学学科进入ESI全球学科排名前1%
药物制剂专业入选重庆市“一流专业”
“药物分析”获批重庆市一流课程
原料药控制与安全性质量评价实验室获批为重庆市重点实验室
出版《药品安全监管领域药学知识丛书》1套
设立药友三友青年奖学金
本科生荣获互联网+大赛市赛金奖
成立重庆医科大学校友会3044永利电子分会，并顺利召开了第一次理事大会
2022年
材料学进入ESI全球学科排名前1%
首次获批教育部人文社会科学研究专项任务项目（高校辅导员研究）
本科生获“挑战杯”重庆赛区银奖1项、铜奖2项
3044永利电子党委入选校级“三全育人”综合改革试点学院
2023年
通过教育部药学一级学科博士学位授权点专项核验
获批《药理学》和《药剂学》重庆市线上一流课程
2024年
教工第一党支部入选第四批“全国党建工作样板支部”培育创建单位
通过教育部药学、临床药学专业联合认证
获批《药用辅料学》和《药剂学》重庆市线上线下混合式一流课程
《药剂学》获批重庆市本科高校课程思政示范建设项目
首次获批国家自然科学基金重大项目（项目负责人：党永军）
首次获批国家自然科学基金国际地区合作与交流项目（项目负责人：党永军）
药学学科入选校本部“攀登计划”（为首批入选的3个学科之一）
设立台祥奖学金
2025年
首次以共同通讯单位在《NATURE》发表文章一篇
获批国家重点研发计划——深海和极地关键技术与装备专项项目一项
设立天圣奖学金
